Aaron Hotchner rencontre sa future femme, Haley Brooks, au lycée, plus précisément au club de théâtre qu'il a intégré dans ce but. Ils se marient après la fin de leurs études. On découvre durant la première saison que Hotchner était battu par son père durant son enfance. Il le confie à un tueur en série en garde à vue. Avant qu'il n'intègre le FBI au sein du Département des Sciences du Comportement (BAU, Behavioral Analysis Unit en anglais), Hotchner travaillait comme avocat pour le procureur général. Au sein du bureau, il a intégré l'antenne de Seattle avant de rejoindre Quantico et devenir, un peu plus tard, le chef d'équipe.

La série commence alors que Haley est enceinte, mais le travail d'Aaron pour le FBI empiète sur sa vie de famille. Son fils, Jack, naît dans ce climat. À la suite de la dernière affaire de Jason Gideon qui finit mal dans le premier épisode de la troisième saison (un tueur en série tué par une étudiante admiratrice qui se suicide ensuite), Hotchner est suspendu deux semaines. Il demande alors sa mutation dans un autre service, ce qui arrangera sa relation avec sa femme, jusqu'à ce qu'il l'annule pour aller aider Derek Morgan avec Emily Prentiss. Haley le quitte et demande le divorce, emmenant Jack avec elle.

Par la suite, George Foyet (« l'Éventreur de Boston », un autre tueur en série narcissique arrêté par l'équipe) décide après son évasion de s'en prendre à Hotch et sa famille. Il le guette à son appartement à la fin de la quatrième saison et le poignarde neuf fois (mais sans le tuer) puis récupère son ancienne adresse, cependant son ex-femme ainsi que son fils sont mis en sûreté au prix que Hotch ignore lui-même où ils sont cachés, et ne peut plus les voir jusqu'à ce que Foyet soit mis hors d'état de nuire. Ce qui n'empêche pourtant pas ce dernier de les retrouver dans le centième épisode : il tue Haley, mais Hotch sauve leur fils à temps grâce à une idée ingénieuse et tue Foyet en le battant à mort. Il portera le deuil un certain temps, s'éloignant de son travail pour passer du temps avec Jack et se voyant même proposer une retraite anticipée. Mais la sœur de Haley le convaincra de reprendre son poste tandis qu'elle s'assurera de la garde de son neveu quand il travaille. Son ex-beau-père lui gardera une profonde rancune pour la mort de sa fille aînée.

Quand Prentiss doit disparaître pour continuer sur l'affaire de Ian Doyle, il est un des seuls au courant avec J.J. que leur collègue n'est pas décédée. Il gardera le secret et ne laissera rien filtrer jusqu'au retour d'Emily. Il est également envoyé durant huit semaines dans une unité d'enquête au Pakistan entre les sixième et septième saisons.

Durant une affaire dans la dixième saison, Hotch sur le point de l'arrêter se retrouve temporairement à la merci de Peter Lewis (« M. Griffe »), un tueur particulièrement vicieux usant de substances hallucinogènes et de techniques de manipulation mentale pour pousser ses victimes à tuer leurs proches à sa place (et qui, après une évasion spectaculaire, s'acharnera à plusieurs reprises sur l'équipe). Bien qu'Hotch réussit à déjouer les illusions de « M. Griffe » qui est finalement arrêté par l'équipe, ce dernier parvient tout de même à lui faire vivre virtuellement sa pire angoisse : la mort sous ses yeux des membres de son équipe. Hotch en restera marqué.