Emily Prentiss est la fille d'Elizabeth Prentiss, l'ambassadrice des États-Unis en Ukraine, en Italie et dans de nombreux pays du Moyen-Orient. De ce fait elle a beaucoup voyagé. Grâce aux nombreux voyages qu'elle a faits durant sa jeunesse, elle parle couramment arabe, italien, espagnol, français et russe. Emily avoue à Rossi que, pendant un passage en Italie — où sa mère occupait un poste diplomatique, elle est tombée enceinte à l'âge de 15 ans. Avec l'aide de Matthew Benton, un ami (et contre l'avis de leur prêtre), elle s'est fait avorter. Lors du quatrième épisode de la troisième saison, elle voulut adopter une des victimes du tueur ce qui n'a pas pu se faire.

Elle est déclarée décédée et est enterrée lors du dix-huitième épisode de la sixième saison, après un combat contre Ian Doyle (dit « Valhalla »), un ex-membre de l'IRA qui avait juré de se venger d'elle. Mais la fin de l'épisode laisse entendre par de multiples détails qu'Emily aurait survécu et serait partie avec plusieurs passeports étrangers procurés par J.J. grâce à son poste. Elle revient à la septième saison comme personnage régulier. Elle quitte néanmoins le Département des sciences du comportement pour diriger le bureau d'Interpol à Londres (sous-entendu dans le vingt-quatrième épisode). Elle revient une première fois dans le quatorzième épisode de la neuvième saison, lorsque JJ, une de ses deux meilleures amies, se fera enlever. Emily prendra le premier avion dès que Aaron Hotchner lui apprendra la nouvelle et permettra à l’équipe de retrouver JJ, qui lui dira plus tard qu’elle était sûre que l'équipe l'appellerait. Cet épisode marque la rencontre entre Emily et sa remplaçante Alex Blake. Elle revient dans le dix-neuvième épisode de la onzième saison, après avoir demandé de l'aide à ses amis et anciens collègues afin de traquer un tueur en série qu'elle a failli arrêter.